Il Santuario, costruito dai padri gesuiti a partire dal 1608, oltre che un piccolo gioiello artistico, è da sempre fulcro della devozione al Santo dei giovani, centro di spiritualità aloisiana e meta di pellegrinaggi da ogni parte del mondo.
Il Santuario di S.Luigi Gonzaga, sorge sull’area prospiciente la rocca gonzaghesca donata alla Compagnia di Gesù dal fratello del santo, il marchese Francesco. Fu con questo marchese, succeduto a Rodolfo, che il marchesato vide il suo maggior momento di splendore artistico, culturale e spirituale grazie alle nuove costruzioni e all’arrivo del nuovo Istituto Religioso. Egli volle chiamare nella città i padri gesuiti per una qualificata formazione della gioventù e per avere un memoriale vivente del fratello santo, pure lui gesuita.
Quello che oggi è il Santuario nacque nel 1608 con la costruzione della Chiesa e dell’attiguo Collegio per i ragazzi. Contemporaneamente, a 200 metri di distanza, le tre Nipoti di S.Luigi - Cinzia, Olimpia e Gridonia - in collaborazione con i padri gesuiti dettero vita al Nobile Collegio delle Vergini di Gesù per l’educazione delle ragazze di buona società. Così attorno a quello che attualmente è il Santuario, si trovava un polo educativo di eccellenza e un centro di irradiazione spirituale e culturale. Quello che oggi chiamiamo il Santuario, comprendeva il Collegio dei Gesuiti, la Chiesa e, in mezzo, un ampio corridoio o galleria di accesso ad entrambi. Il Collegio dei Gesuiti nel 1980 è diventato sede del Municipio della città, la galleria o corridoio è diventata nel 2006 la Sala don Rinaldo e la Chiesa, con l’arrivo della Reliquia del Santo nel 1610 divenne Santuario; nel 1964 fu elevata a Basilica minore da papa Paolo VI.
Attualmente il Santuario di San Luigi è formato dalla Basilica, dalla sagrestia settecentesca, dalla Sala don Rinaldo, da due piccoli giardini e dalla casa rettoriale.
